一、外顯子測(cè)序?qū)嶒?yàn)外包服務(wù)介紹
外顯子組測(cè)序（exome-seq）是對(duì)定向富集的基因組DNA進(jìn)行高通量測(cè)序，它能夠以相對(duì)低的費(fèi)用對(duì)人類(lèi)外顯子組進(jìn)行拷問(wèn)。2009年，外顯子組捕獲工具的出現(xiàn)，讓外顯子組測(cè)序這種技術(shù)迅速紅起來(lái)。到目前為止，已有超過(guò)1萬(wàn)個(gè)外顯子組被測(cè)序。
如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑，包括羅氏NimbleGen、安捷倫、Illumina，還有zui近的華大基因。這些方法究竟孰優(yōu)孰劣，斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系的研究人員對(duì)市場(chǎng)上三個(gè)主流的外顯子組測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行了比較。該研究結(jié)果發(fā)表在《Nature Biotechnology》上。研究人員利用安捷倫、Illumina和NimbleGen的外顯子組測(cè)序平臺(tái)對(duì)同一個(gè)人類(lèi)血液樣品進(jìn)行分析。他們的結(jié) 果表明，NimbleGen平臺(tái)作為*一個(gè)使用高密度重疊探針的平臺(tái)，盡管覆蓋了較少的基因組區(qū)域，但在靈敏檢測(cè)小的變異時(shí)所需的測(cè)序量也zui少。在同樣獲得80M測(cè)序數(shù)據(jù)的情況下，NimbleGen有97%的目標(biāo)序列達(dá)到10x以上的測(cè)序深度，而其他產(chǎn)品只有90%。而安捷倫和Illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數(shù)量的變異。此外，Illumina還捕獲了未翻譯的區(qū)域，這是NimbleGen和安捷倫平臺(tái)無(wú)法靶定的。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測(cè)序和全基因組測(cè)序（WGS），顯示外顯子組測(cè)序能夠檢測(cè)到WGS錯(cuò)過(guò)的小變異。
除了文中提到了三個(gè)主流平臺(tái)，外顯子組捕獲方面的新產(chǎn)品也在不斷推出，研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏NimbleGen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產(chǎn)品。這一新產(chǎn)品將可捕獲64M的基因組序列，包括所有外顯子以及miRNA，它含與其他NimbleGen液相捕獲產(chǎn)品相同的2.1M高密度探針，以確保高效、均一、特異、全面的定向捕獲。
為了讓研究人員更輕松更經(jīng)濟(jì)地利用定向外顯子組測(cè)序，Illumina提供了TruSeq Exome EnrichmentKit，一種溶液型的序列捕獲方法，利用雜交選擇分離出人類(lèi)基因組中的目的外顯子區(qū)域。TruSeq Exome Enrichment Kit提供了迄今為止zui為全面的外顯子組覆蓋度。
二、外顯子測(cè)序?qū)嶒?yàn)外包服務(wù)分析項(xiàng)目
標(biāo)準(zhǔn)分析項(xiàng)目
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控和篩選
2. 與參考基因組比對(duì)，得到測(cè)序深度Reads分布和覆蓋度統(tǒng)計(jì)
3.SNP、small Indel檢測(cè)
4.SNP、small Indel矯正
外顯子測(cè)序?qū)嶒?yàn)外包服務(wù)
高級(jí)分析項(xiàng)目
可信位點(diǎn)篩選；
體細(xì)胞突變位點(diǎn)篩選（癌癥）
位點(diǎn)注釋?zhuān)ㄠ徑騾^(qū)域與功能注釋、鄰近結(jié)構(gòu)域注釋、鄰近順勢(shì)調(diào)控區(qū)域注釋、編碼區(qū)內(nèi)位點(diǎn)的變異類(lèi)型；變異位點(diǎn)保守性檢測(cè)、變異位點(diǎn)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估）
數(shù)據(jù)集圖片類(lèi)型統(tǒng)計(jì)（多樣本）
變異位點(diǎn)區(qū)域分布（多樣本）
高頻變異位點(diǎn)/基因統(tǒng)計(jì)（多樣本）
GWAS分析（大樣本量）
