染色質(zhì)免疫共沉淀-芯片（Chromatin Immunoprecipitation –chip，ChIP-chip），它的基本原理是在生理狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA交聯(lián)在一起，超聲波將其打碎為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過所要研究的目的蛋白質(zhì)特異性抗體沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。

ChIP與基因芯片相結(jié)合建立的ChIP-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；ChIP與體內(nèi)足跡法相結(jié)合，用于尋找反式因子的體內(nèi)結(jié)合位點(diǎn)；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達(dá)調(diào)控中的作用。它與DNA芯片和分子克隆技術(shù)相結(jié)合，可用于高通量的篩選已知蛋白質(zhì)分析的未知DNA靶點(diǎn)和研究反式作用因子在整個(gè)基因組上的分布情況。染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)與芯片技術(shù)相結(jié)合更有助于科學(xué)家發(fā)明疾病的有效治療方法。調(diào)控蛋白與基因組DNA結(jié)合能夠控制DNA復(fù)制和基因表達(dá)，作為細(xì)胞調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)中的開關(guān)，結(jié)合位點(diǎn)分析信息與基因表達(dá)數(shù)據(jù)相結(jié)合，將能有助于分析尋找生物標(biāo)志物（biomarker）。轉(zhuǎn)錄因子通過與核酸直接的相互作用等方式在細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮著重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用。它們通常序列特異性地結(jié)合在基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的啟動(dòng)子區(qū)來調(diào)節(jié)該基因的轉(zhuǎn)錄。而ASB的啟動(dòng)子芯片技術(shù)則是用于檢測單個(gè)轉(zhuǎn)錄因子在細(xì)胞中的某一時(shí)刻與20,000個(gè)基因啟動(dòng)子相互作用的情況。通過染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）技術(shù)和啟動(dòng)子芯片的有機(jī)結(jié)合，可以確定任何一個(gè)特定轉(zhuǎn)錄因子的靶基因群